PLS/OPLS models in metabolomics: the impact of permutation of dataset rows on the K-fold cross-validation quality parameters
Centre National de la Recherche Scientifique · Université Paris Cité · +18 more institutions
Abstract
Among all the software packages available for discriminant analyses based on projection to latent structures (PLS-DA) or orthogonal projection to latent structures (OPLS-DA), SIMCA (Umetrics, Umeå Sweden) is the more widely used in the metabolomics field. SIMCA proposes many parameters or tests to assess the quality of the computed model (the number of significant components, R2, Q2, pCV-ANOVA, and the permutation test). Significance thresholds for these parameters are strongly application-dependent. Concerning the Q2 parameter, a significance threshold of 0.5 is generally admitted. However, during the last few years, many PLS-DA/OPLS-DA models built using SIMCA have been published with Q2 values lower than…
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- 12.23
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Authors
8- MNMohamed N. TribaCorresponding
Centre National de la Recherche Scientifique, Université Paris Cité, Université Sorbonne Paris Nord, Sorbonne Paris Cité, Biomatériaux et Bioingénierie, Laboratoire des Biomolécules, Chimie, Structures et Propriétés de Biomatériaux et d'Agents Thérapeutiques
- LLLaurence Le Moyec
Inserm, Génétique Animale et Biologie Intégrative, Université d'Évry Val-d'Essonne
- RARoland Amathieu
Université Paris-Est Créteil, Université Paris Cité, Assistance Publique – Hôpitaux de Paris, Hôpitaux Universitaires Henri-Mondor, Imation (United States)
- CGCorentine Goossens
Centre National de la Recherche Scientifique, Université Paris Cité, Université Sorbonne Paris Nord, Sorbonne Paris Cité, Biomatériaux et Bioingénierie, Laboratoire des Biomolécules, Chimie, Structures et Propriétés de Biomatériaux et d'Agents Thérapeutiques
- NBNadia Bouchemal
Centre National de la Recherche Scientifique, Université Paris Cité, Université Sorbonne Paris Nord, Sorbonne Paris Cité, Biomatériaux et Bioingénierie, Laboratoire des Biomolécules, Chimie, Structures et Propriétés de Biomatériaux et d'Agents Thérapeutiques
Topics & keywords
- OPLS
- Fold (higher-order function)
- Row
- Cross-validation
- Permutation (music)
- Metabolomics
- Computer science
- Computational biology