New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phylogenies: Assessing the Performance of PhyML 3.0
Université de Montpellier · University of Auckland · +5 more institutions
Abstract
PhyML is a phylogeny software based on the maximum-likelihood principle. Early PhyML versions used a fast algorithm performing nearest neighbor interchanges to improve a reasonable starting tree topology. Since the original publication (Guindon S., Gascuel O. 2003. A simple, fast and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood. Syst. Biol. 52:696-704), PhyML has been widely used (>2500 citations in ISI Web of Science) because of its simplicity and a fair compromise between accuracy and speed. In the meantime, research around PhyML has continued, and this article describes the new algorithms and methods implemented in the program. First, we introduce a new algorithm to search the tree…
Citation impact
- FWCI
- 197.90
- Percentile
- 100%
- References
- 44
Authors
6- SGStéphane Guindon
Université de Montpellier, University of Auckland, Centre National de la Recherche Scientifique, Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
- JDJean-François Dufayard
Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier, Centre National de la Recherche Scientifique, Université de Montpellier
- VLVincent Lefort
Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier, Centre National de la Recherche Scientifique, Université de Montpellier
- MAMaria Anisimova
Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier, Centre National de la Recherche Scientifique, Université de Montpellier, ETH Zurich, SIB Swiss Institute of Bioinformatics
- WHWim Hordijk
University of Oxford, Université de Montpellier, Centre National de la Recherche Scientifique, Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
Topics & keywords
- Algorithm
- Pruning
- Computer science
- Tree (set theory)
- Nonparametric statistics
- Simple (philosophy)
- Software
- Data mining